常熟市中医院始建于1958年，2003年和常熟市妇幼保健院合并，整体搬迁至常熟市黄河路6号。2006年，医院成为南京中医药大学附属医院。2012年成功创建三级乙等中医医院。

现医院占地总面积8.7万平方米，建筑面积10.3万平方米。2017全年门急诊量116.8万余人次，同比增长5.1%；出院病人4.1万余人次，同比增长3.77%；分娩数7374例，分娩率占全市分娩总数的57%，医院综合能力逐年稳步提升。

医院现有在编职工1056名，其中卫技人员987名。具备高级职称197人，中级职称401人，博士5人、硕士108人。医院注重学科建设和人才培养的有机结合，开展江苏省老中医药专家学术经验继承、名中医师带徒、西学中在职培训等活动，鼓励教学研并举，提高卫技人员能力和水平。现有省名中医3名（周本善、李葆华、邵亨元），市名中医9名（熊秀萍、张小龙、方平、陈晓、龚雪康、翁立平、何炜、邵晨东、高磊平），江苏省“333高层次人才培养工程”培养对象1名（王强），“姑苏卫生重点人才”1名（季利江）。